In überfüllten Flüchtlingslagern und Notunterkünften sind Infektionskrankheiten wie Tetanus und Diphterie eine große Gefahr für die Kinder. Allein die hoch ansteckenden Masern kosten regelmäßig viele Kinder das Leben. Gerade nach Naturkatastrophen oder in Krisengebieten haben die geschwächten Kinder ohnehin kaum noch Abwehrkräfte.
UNICEF organisiert deshalb auch unter Nothilfe-Bedingungen möglichst schnell groß angelegte Impfkampagnen. UNICEF stellt Impfstoffe bereit und hilft, sie gekühlt bis in entlegene Regionen zu transportieren. In vielen Konfliktsituationen, zum Beispiel im Sudan, gelang es UNICEF sogar, für die Zeit der Impfkampagnen Waffenruhen auszuhandeln.
Während der Impfungen verteilt UNICEF zudem preiswerte Vitamin-A-Kapseln. Sie stärken die Abwehrkräfte der geschwächten Kinder. UNICEF stellt auch Notapotheken mit Schmerzmitteln und Verbandszeug bereit, so dass verletzte Kinder versorgt werden können. Babys und schwangere Frauen brauchen in Krisenregionen besondere Hilfe: UNICEF sorgt deshalb auch für Hebammenkoffer, stellt Babycreme und Windeln bereit. Mit Moskitonetzen von UNICEF können obdachlos gewordene Familien ihre Kinder vor Malaria schützen.
Durchfallerkrankungen sind in Notsituationen eine besonders große Gefahr für Kinder: Ohne Behandlung kann ein an Durchfall erkranktes Kleinkind innerhalb weniger Tage sterben. UNICEF stellt weltweit große Mengen Orales Rehydratationssalz (ORS) bereit. Diese einfache Zucker-Salz-Mischung schützt die Kinder vor gefährlicher Austrocknung (s. Kasten). UNICEF bildet auch Freiwillige in der ORS-Therapie aus..